関連データベース
メタボロミクス
データベース
- Human Metabolome Database (HMDB)
- 最も代表的な（ヒト）メタボロームのデータベース。
- NBDC メタボローム関連データベース
- 日本のメタボローム関連データベースへのリンク集。
- The Proceedings of Metabolomics: データベース
- 解説付きのデータベースのリスト。
- KOMICS データベース
- かずさDNA研究所で作成・交際されているデータベースのリスト。
スペクトル・ライブラリ
- European (NORMAN) MassBank
- メタボライト用スペクトル・ライブラリの“世界標準”は日本で作成されたMassBankだが、2018年現在、MassBankサーバは閉鎖されている。MassBankへのアクセス（http://www.massbank.jp/）は、自動的にこちらのヨーロッパ・サーバにリダイレクトされる。
- MassBank of North America (MoNA)
- アメリカ版のMassBankサーバだが、元のMassBankの枠を超えて発展しつつある。
プロテオミクス
プロテオミクスでは、対象分子（ペプチド）同定手段がスペクトル・ライブラリ検索ではなく配列データベース検索であるため、（公共の）スペクトル・ライブラリは殆ど整備されていない。代わりに、測定結果の生データの公開が義務づけられているため、データを公開するためのリポジトリが発達している。 2017年頃からプロテオミクスでもスペクトル・ライブラリの利用が検討されているが、その場合のスペクトル・ライブラリはリポジトリが代用される見込みである。
データベース
- jPOST (jPOSTdb)
- 日本で製作されているデータベース。但し2018年に公開が始まったところなので、コンテンツはまだ少ない。
- PeptideAtlas
- ProteomeXchangeにも加盟する（擁するリポジトリの一つであるPASSELがSRMデータを受け入れている）老舗のデータベース。ここで精査したペプチドのうち、更にHUPO Human Proteome Projectのペプチド採用基準に合致したものがneXtProtに収録される。
- ProteomicsDB
- The Human Protein Atlas
- The Plant Proteome Database
リポジトリ
プロテオーム分野では、論文発表の際に測定結果の生データを公開することが、主要ジャーナル全てによって義務づけられている。
- jPOST repository (jPOSTrepo)
- データ（特にメタデータ）の登録の操作性が良いこと、データのサーバへの転送速度が圧倒的に速いことが特徴。日本にサーバがあるので、日本でデータを登録するときには圧倒的に利便性が高い。
- ProteomeXchange (Consortium)
- プロテオーム質量分析生データのリポジトリ複数が加盟するコンソーシアム。ProteomeXchange (PX) はちょうど学術論文でよく用いられているdoiのような仕組みで、これ自体はデータは一切保持せず、 PX IDが示すデータ（のwebページ）を、それがどのリポジトリに存在するかに拘わらず開く。2014年にPRIDEとPeptideAtlas (PASSEL) の2者によって開始され、現在は以下のリポジトリ（とjPOST）がメンバーである。
- PRIDE (PRoteomics IDEntifications)
- EBIが擁する、世界最大のプロテオーム質量分析データのリポジトリ。PRIDEとProteomeXchangeはしばしば混同されるが、そして実際、ProteomeXchangeのデータの90％以上はPRIDEに格納されているが、組織はまったく別のものである。
- PASSEL (PeptideAtlas SRM Experiment Library)
- PeptideAtlasのSRMデータ用のリポジトリ。
- MassIVE (Mass Spectrometry Interactive Virtual Environment)
- UCSDのCenter for Computational Mass Spectrometryが設置しているリポジトリ。リポジトリTrancheが閉鎖されたときに入れ替わりで立ち上げられ、Trancheのデータを6000件以上“救出”したことでも有名になった。MassIVE自体で一つの解析環境になるような設計である。
- iProx
- 2017年にPXに加盟した中国のリポジトリ。
- Panorama Public
- 2018年にPXに加盟した、アメリカ（シアトル）にあるリポジトリ。
- The GPMDB (Global Proteome Machine Database)
- PXに加盟していない、老舗のリポジトリ。オープンソースのサーチエンジンX!TandemなどもGPMプロジェクトで開発している。
グライコミクス
グライコミクス分野では、現状では「可能性のある糖鎖構造」を網羅することが重要になっており、リポジトリは「測定生データを蓄積」するのではなく、「（同定されて）存在が確認された糖鎖の構造のデータを蓄積」している。 また、糖鎖はタンパク質のPTMにもなり得るが、脂質の親水基に結合して糖脂質ともなる。このため糖鎖研究は、糖タンパクを主研究対象とした（糖鎖）グループと糖脂質を主対象とした（脂質）グループで行われている。
Page Last Updated: Nov. 17, 2018