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質量分析インフォマティクス研究会 > 資料 > 関連データベース

関連データベース


メタボロミクス

データベース

Human Metabolome Database (HMDB)
最も代表的な(ヒト)メタボロームのデータベース。

NBDC メタボローム関連データベース
日本のメタボローム関連データベースへのリンク集。

The Proceedings of Metabolomics: データベース
解説付きのデータベースのリスト。

KOMICS データベース
かずさDNA研究所で作成・交際されているデータベースのリスト。


スペクトル・ライブラリ

European (NORMAN) MassBank
メタボライト用スペクトル・ライブラリの“世界標準”は日本で作成されたMassBankだが、2018年現在、MassBankサーバは閉鎖されている。MassBankへのアクセス(http://www.massbank.jp/)は、自動的にこちらのヨーロッパ・サーバにリダイレクトされる。

MassBank of North America (MoNA)
アメリカ版のMassBankサーバだが、元のMassBankの枠を超えて発展しつつある。


プロテオミクス

 プロテオミクスでは、対象分子(ペプチド)同定手段がスペクトル・ライブラリ検索ではなく配列データベース検索であるため、(公共の)スペクトル・ライブラリは殆ど整備されていない。代わりに、測定結果の生データの公開が義務づけられているため、データを公開するためのリポジトリが発達している。 2017年頃からプロテオミクスでもスペクトル・ライブラリの利用が検討されているが、その場合のスペクトル・ライブラリはリポジトリが代用される見込みである。


データベース

jPOST (jPOSTdb)
日本で製作されているデータベース。但し2018年に公開が始まったところなので、コンテンツはまだ少ない。

PeptideAtlas
ProteomeXchangeにも加盟する(擁するリポジトリの一つであるPASSELがSRMデータを受け入れている)老舗のデータベース。ここで精査したペプチドのうち、更にHUPO Human Proteome Projectのペプチド採用基準に合致したものがneXtProtに収録される。

ProteomicsDB

The Human Protein Atlas

The Plant Proteome Database


リポジトリ

 プロテオーム分野では、論文発表の際に測定結果の生データを公開することが、主要ジャーナル全てによって義務づけられている。


jPOST repository (jPOSTrepo)
データ(特にメタデータ)の登録の操作性が良いこと、データのサーバへの転送速度が圧倒的に速いことが特徴。日本にサーバがあるので、日本でデータを登録するときには圧倒的に利便性が高い。

ProteomeXchange (Consortium)
プロテオーム質量分析生データのリポジトリ複数が加盟するコンソーシアム。ProteomeXchange (PX) はちょうど学術論文でよく用いられているdoiのような仕組みで、これ自体はデータは一切保持せず、 PX IDが示すデータ(のwebページ)を、それがどのリポジトリに存在するかに拘わらず開く。2014年にPRIDEとPeptideAtlas (PASSEL) の2者によって開始され、現在は以下のリポジトリ(とjPOST)がメンバーである。

PRIDE (PRoteomics IDEntifications)
EBIが擁する、世界最大のプロテオーム質量分析データのリポジトリ。PRIDEとProteomeXchangeはしばしば混同されるが、そして実際、ProteomeXchangeのデータの90%以上はPRIDEに格納されているが、組織はまったく別のものである。

PASSEL (PeptideAtlas SRM Experiment Library)
PeptideAtlasのSRMデータ用のリポジトリ。

MassIVE (Mass Spectrometry Interactive Virtual Environment)
UCSDのCenter for Computational Mass Spectrometryが設置しているリポジトリ。リポジトリTrancheが閉鎖されたときに入れ替わりで立ち上げられ、Trancheのデータを6000件以上“救出”したことでも有名になった。MassIVE自体で一つの解析環境になるような設計である。

iProx
2017年にPXに加盟した中国のリポジトリ。

Panorama Public
2018年にPXに加盟した、アメリカ(シアトル)にあるリポジトリ。

The GPMDB (Global Proteome Machine Database)
PXに加盟していない、老舗のリポジトリ。オープンソースのサーチエンジンX!TandemなどもGPMプロジェクトで開発している。



グライコミクス

グライコミクス分野では、現状では「可能性のある糖鎖構造」を網羅することが重要になっており、リポジトリは「測定生データを蓄積」するのではなく、「(同定されて)存在が確認された糖鎖の構造のデータを蓄積」している。 また、糖鎖はタンパク質のPTMにもなり得るが、脂質の親水基に結合して糖脂質ともなる。このため糖鎖研究は、糖タンパクを主研究対象とした(糖鎖)グループと糖脂質を主対象とした(脂質)グループで行われている。



Page Last Updated: Nov. 17, 2018